يكون للصندوق مدير عام بالمرتبة (الخامسة عشرة) يرشحه رئيس المجلس ويكون هو المسؤول التنفيذي عن إدارة الصندوق وفقاً للتنظيم واللائحة وما يقرره المجلس، ويتولى بوجه خاص المهمات الآتية: 1- إعداد مشروعات خطط الصندوق وبرامج عمله، ورفعها إلى المجلس لاعتمادها. 2- الإشراف على سير العمل في الصندوق من خلال الخطط والبرامج المعتمدة. 3- متابعة تنفيذ القرارات التي يصدرها المجلس. 4- إعداد مشروع ميزانية الصندوق السنوية ورفعه إلى المجلس. 5- إعداد مشروع التقرير السنوي عن نشاط الصندوق ورفعه إلى المجلس. 6- إصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الأحكام الواردة في التنظيم واللائحة، بحسب الصلاحيات المخولة له. 7- الصرف من ميزانية الصندوق، واتخاذ جميع الإجراءات المالية وفقاً للأنظمة واللوائح المقررة، وفي حدود الصلاحيات التي فوض بها المجلس. 8- تمثيل الصندوق في علاقاته مع الغير وأمام الجهات القضائية، وله تفويض غيره في هذا الشأن بعد موافقة المجلس. 9- أي اختصاص آخر يسنده إليه المجلس. وللمدير العام تفويض بعض اختصاصاته إلى من يراه من منسوبي الصندوق.